Plateforme d'analyses structurale et physicochimique



IICiMed met à la disposition de ses chercheurs les équipements lui permettant la caractérisation et l'élucidation structurale de nouvelles molécules.
L'équipe possède :

  • un spectromètre de RMN Bruker AVANCE 400 MHz
  • un spectromètre infrarouge Shimadzu IRAffinity avec ATR MiRacle 10
  • un spectromètre de masse simple quadripôle ZQ 2000 Waters, couplé à un système UPLC Waters ACQUITY détecteur PDA
  • un système de purification flash, puriFlash 430 Interchim
  • un polarimètre numérique Schmidt-Haensch-Polartronic
  • un bloc de détermination du point de fusion Electrothermal 9300


chromatographie
rmn

Plateforme Modélisation moléculaire


Elle donne accès à une série d'outils (modélisation par homologie, docking, analyse conformationnelle, calcul de paramètres physico-chimiques de molécules organiques, études QSAR-3D) permettant de construire, de visualiser (3D), d'analyser les interactions molécule-récepteur et d'aider à l'interprétation des relations structure-activité.



Equipement

Hardware :
 
  • 1 Silicon Graphics Octane 2
  • 1 Dell Precision T3400 (2.83 GHz , 8 Go de RAM sous Linux 64 bits)

Software :

  • Sybyl (Tripos) : Biopolymer, Molcad, QSAR/CoMFA, Advanced Computation
  • Gold
  • Jackal

Plateforme biologique


La plateforme biologique anti-infectieuse mise en place au sein d'IICiMed permet l'identification de cibles thérapeutiques, l'élucidation des mécanismes d'action de nouveaux composés, mais aussi l'évaluation de leur toxicité et de leur activité in vitro et in vivo.
L'identification des cibles thérapeutiques et l'étude des mécanismes d'action reposent sur l'utilisation de techniques :
  • de biologie moléculaire (PCR, séquençage, transfection)
  • immunologiques (ELISA, western blot)
  • chromatographiques (CLHP, CCM)
  • spectrale (spectrométrie UV, spectrométrie de masse)
  • de microscopie électronique (balayage, transmission).
     



L'évaluation de nouveaux composés à visée antiparasitaire et/ou antifongique peut être effectuée in vitro et in vivo :

  • sur plusieurs genres de protozoaire (Plasmodium, Leishmania)
  • ainsi que de champignons (Candida, Aspergillus, dermatophytes).

La technique in vitro semi automatisée qui a été développée dans le laboratoire permet de trier rapidement les candidats médicaments qui pourront être ensuite évalués dans les modèles murins correspondants (paludisme, leishmanioses, candidoses cutanée et systémique, aspergilloses,...).
Une évaluation de la toxicité in vitro pourra aussi être réalisée sur trois lignées cellulaires afin de déterminer un index thérapeutique et, ainsi, sélectionner les composés pour les études in vivo (activité et toxicité aigue).
Cette diversité de cibles thérapeutiques est permise par la mise en place d'une biothèque regroupant un grand nombre de souches d'agents infectieux parasitaires ou fongiques.

Les centres ressources


La chimiothèque


Le Groupement De Service (GDS) "Chimiothèque Nationale (CN)" a été créé en juillet 2003 par une convention entre le CNRS et 17 organismes d'enseignement supérieur et de recherche. La mission principale de la Chimiothèque Nationale est de fédérer les collections de produits de synthèse et d'extraits naturels existants dans les laboratoires publics français et d'en promouvoir la valorisation scientifique et industrielle. Notre laboratoire possède actuellement un statut d'«incubé». Actuellement plus de 900 composés sur les quelques 3000 synthétisés sont ainsi répertoriés selon des critères préalablement définis.

La biothèque



La biothèque a pour but de centraliser le stockage et la gestion de lignées cellulaires et de souches d'agents pathogènes afin qu'elles puissent être conservées dans des conditions optimales. A cet effet, la biothèque dispose d'un système de stockage en azote liquide et d'un stockage réfrigéré (4°C et -80°C).  Les souches conservées ont trois origines : fongique, parasitaire et humaine. Les souches fongiques regroupent différentes espèces des genres Candida, Aspergillus, Penicillium, Fusarium, Emericellopsis... Les souches parasitaires regroupent différentes espèces des genres Leishmania, Trypanosoma et Plasmodium. Les souches humaines regroupent des lignées d'origine humaine : myélome (RPMI 8226, U26, NCI H929,...), leucémie myéloïde chronique (K562,...) ou d'origine murine : clone lymphocytaire (CTLL-2,...), fibroblastes (WEHI,...).